¿Cómo agregar git repo path en Dockerfile?

¿Puede alguien decirme cómo agregar la ruta de git repo en el file Dockerfile? Aquí está mi file Docker

FROM ubuntu:14.04.3 MAINTAINER Upendra Devisetty RUN apt-get update && apt-get install -y g++ \ make \ git \ zlib1g-dev \ python \ wget \ curl \ python-matplotlib \ python-numpy \ python-pandas ENV BINPATH /usr/bin RUN git clone https://upendra_35@bitbucket.org/upendra_35/evolinc_docker.git RUN chmod +x /evolinc_docker/evolinc-part-I.sh && cp /evolinc_docker/evolinc-part-I.sh $BINPATH RUN wget -O- http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz | tar xzvf - RUN wget -O- https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/2.0.1.tar.gz | tar xzvf - RUN wget -O- http://seq.cs.iastate.edu/CAP3/cap3.linux.x86_64.tar | tar vfx - RUN curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz > ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz RUN tar xvf ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz RUN wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.10/Python-2.7.10.tgz RUN tar -zxvf Python-2.7.10.tgz RUN cd Python-2.7.10 && ./configure && make RUN cd .. RUN wget -O- http://ftp.mirrorservice.org/sites/download.sourceforge.net/pub/sourceforge/q/qu/quast/quast-3.0.tar.gz | tar zxvf - RUN wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/latest/download?source=files && tar xvf download\?source\=files RUN cd bwa-0.7.12 && make RUN cd .. ENV PATH /cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/:$PATH ENV PATH /TransDecoder-2.0.1/:$PATH ENV PATH /CAP3/:$PATH ENV PATH /ncbi-blast-2.3.0+/bin/:$PATH ENV PATH /Python-2.7.10/:$PATH ENV PATH /bedtools2-2.25.0/bin/:$PATH ENV PATH /samtools-bcftools-htslib-1.0_x64-linux/bin/:$PATH ENV PATH /bwa-0.7.12/:$PATH ENTRYPOINT ["/usr/bin/evolinc-part-I.sh"] CMD ["-h"] 

Cuando ejecuto esto

 docker run --rm -v $(pwd):/working-dir -w /working-dir ubuntu/evolinc -c AthalianaslutteandluiN30merged.gtf -g TAIR10_chr.fasta -r TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated.fa -b TE_RNA_transcripts.fa -t AnnotatedPEATPeaks.gff -x Atha_known_lncRNAs.mod.gff 

Estoy recibiendo este error

 python: can't open file 'get_gene_length_filter.py': [Errno 2] No such file or directory 

Lo que no entiendo es cómo agrego el representante de git a la ruta para que se puedan abrir todos los scripts en el repository.

Usted está haciendo RUN git clone https://upendra_35@bitbucket.org/upendra_35/evolinc_docker.git sin especificar dónde se clonará.

Lo mismo para los commands de wget .

Es posible que desee establecer un WORKDIR primero en lugar de download todo, de forma pnetworkingeterminada, / . Ver Dockerfile WORKDIR .

Su script evolinc-part-I.sh podría esperar encontrar esos resources en una ruta específica: si pudiera hacer que esa secuencia de commands funcionara en su máquina local (sin acoplador), compárela con su image ejecutando un contenedor con un bash, para explorar qué se instaló en dónde.